Le comité de sélection présidé par Stéphane Bern et composé de représentants de l'Etat, de FDJ et de la Fondation du patrimoine, choisit les 18 sites emblématiques retenus pour chaque région et les 100 projets retenus au niveau des départements. Chaque année, le groupe FDJ propose une offre de jeux Mission Patrimoine comprenant des tirages Lotos et la vente de tickets de grattage, dont une partie des mises est affectée à la Fondation du patrimoine et finance la sauvegarde des sites sélectionnés.

La Mission Patrimoine et des projets sélectionnés dans le cadre de la Mission reçoivent également des soutiens financiers de généreux mécènes.

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Les associations de soutien au patrimoine participent en soumettant des projets et en relayant l'information auprès de leurs membres.